Основное направление деятельности Отдела - клиническая офтальмоиммунология:
Тематика научных исследований определяется широким профилем института и охватывает большой спектр нозологических форм заболеваний глаз: воспалительные заболевания переднего и заднего отделов глаза, катаракты, дистрофические заболевания сетчатки и зрительного нерва, миопия, глаукома, травмы глаза, кератопластика и другие хирургические вмешательства.
В спектре лабораторных исследований основное внимание уделяется офтальмотропным инфекциям (вирусы группы герпеса человека, токсоплазмоз, туберкулез, хламидии и др.), органоспецифической (к антигенам тканей глаза) и межорганной аутоиммунизации, цитокинам и ростовым факторам, субпопуляциям лимфоцитов, ряду показателей врожденного иммунитета (фагоцитоз, система комплемента и др.)