Отдел организован в 1936 году на базе детского отделения, существовавшего с 1900 г. в составе городской больницы им. В.А. и А. А. Алексеевых.
С 1936 по 1959 г. руководитель детского отделения – д.м.н. Елизавета Абрамовна Чечик-Кунина.
Основное направление работы отдела - детская травма.
С 1964г. по 2008г. руководила отделом Заслуженный деятель науки РФ, Заслуженный врач РФ, член-корр. РАЕН, доктор медицинских наук, профессор, врач высшей категории, офтальмолог-хирург Хватова Александра Васильевна.
С 1972 г. отдел входит в состав Российского научного - методического центра восстановительного лечения детей с заболеваниями органа зрения.С 1983 г. является центром микрохирургии глаза у детей.
С 2008 г. руководит отделом Заслуженный врач РФ, профессор, доктор медицинских наук, заслуженный деятель науки РФ, главный детский офтальмолог Минздрава России Катаргина Людмила Анатольевна
Отдел патологии глаз у детей является флагманом РФ в изучении этиологии, патогенеза и разработки новых эффективных методов диагностики и лечения тяжелых заболеваний глаз:
ФГБУ «НМИЦ глазных болезней им. Гельмгольца»
Минздрава России
Высококвалифицированная офтальмологическая помощь иностранным гражданам в соответствии с международными стандартами.